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FROGS

08/09/2021
Type d'événement ou fait marquant: 
Actualité

La technique de métabarcoding, séquençage d’une séquence génomique universelle et suffisamment discriminante pour identifier les différents organismes d’un milieu, est une technique largement utilisée et peu coûteuse.

 

 

 

L’ARN 16S est le gène communément ciblé pour l’identification des communautés bactériennes. Le principe est simple : les amplicons obtenus par PCR d’une région d’ADN cible d’un domaine taxonomique du microbiote étudié sont séquencés. Les séquences obtenues sont ensuite traitées bioinformatiquement pour ne garder qu’une seule représentante par « Unité Opérationnelle Taxonomique » (OTU). Ces OTUs peuvent représenter différents rangs taxonomiques selon le pouvoir discriminant de la région ciblée (de la famille à la souche). Plusieurs méthodes bioinformatiques ont été éprouvées et permettent l’analyse de ce type de données, dont FROGS publié en 2018. FROGS a été conçu pour un usage à la fois expert et pour les non-initiés. Il peut en effet être utilisé en ligne de commande ou via un serveur web Galaxy. Les autres innovations de FROGS sont (i) la méthode de clusterisation des amplicons, (ii) la détection des chimères et (iii) la restitution des affiliations taxonomiques.

 

 

Pour l’analyse des communautés de champignons, la région communément ciblée est celle des ITS (Internal Transcribed Spacers). Ces séquences ont la particularité d’être variables en taille selon les organismes et les long ITS sont alors exclus par les méthodes d’analyses bioinformatiques. FROGS a pris en compte ces particularités tout au long du processus d’analyse, et rend ainsi possible l’analyse des communautés fongiques par ligne de commande ou à travers une interface web simple d’utilisation. Les innovations de FROGS dédiés aux longues lectures ont été comparées à celles des autres outils populaires (DADA2, QIIME2, USEARCH) et publiées récemment dans Briefings in Bioinformatics. En comparaison avec les autres méthodes, FROGS produit très peu de faux positifs et de faux négatifs, a un excellent taux de rappel et une précision élevée.

 

 

Le code de FROGS développé à INRAE (unité GABI et MaIAGE de Jouy en Josas et GenPhySE de Toulouse), est disponible librement : https://github.com/geraldinepascal/FROGS et facilement installable via conda : https://anaconda.org/bioconda/frogs

 

Les serveurs Galaxy notamment de INRAE Toulouse et de Jouy en Josas, mettent à disposition les outils FROGS : http://bioinfo.genotoul.fr/ ; https://migale.inrae.fr/

 

Pour plus d’informations, rendez-vous sur le site internet de FROGS : http://frogs.toulouse.inrae.fr

 

Légende Figure : Pipeline recommandé d’utilisation des outils FROGS pour le traitement des amplicons microbiens (ARN 16S, 18S, 23S, ITS coi1, D1D2, rpob, etc.). Les étoiles indiquent les spécificités dédiées à l’analyse des ITS.