Le recrutement se fera dans le cadre du projet AntiSelfish (LABEX ECOFECT, Université de Lyon)  qui vise à comprendre et modéliser l'apparition et la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques dans les populations bactériennes de la flore intestinale d'humains et d'animaux soumis à un traitement antibiotique. 

L'objectif du recrutement est d'implémenter puis de mettre en œuvre sur des données animales une chaîne de traitement permettant de réaliser la suite des traitements permettant d'étudier la localisation chromosomique des îlots de résistance dans le métagénome, leur prévalence au sein des espèces majoritaires et la dynamique de l’insertion au cours du temps dans les populations du microbiote intestinal (avant, pendant et après une antibiothérapie longue). Les principales étapes du traitement sont : le nettoyage, l'assemblage, l'annotation taxonomique, l'annotation structurale, l'annotation fonctionnelle essentiellement concentrée sur les gènes et les mutations d'antibiorésistance (résistome) et sur les gènes du mobilome (éléments génétiques mobiles).