Diffuser et promouvoir la culture en mathématiques et en informatique déployée dans les sciences agronomiques à INRAE et rassembler la communauté des maths-info INRAE.

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Chargé-e de recherche en modèles dynamiques de populations structurées en biologie

Description: 

Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'unité de recherche MaIAGE («Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l’Environnement ») d'INRAE développe des méthodes mathématiques et informatiques originales de portée générique ou motivées par des problèmes biologiques précis.
Vous serez affecté-e à l’équipe Dynenvie (Modélisation dynamique et statistique pour les écosystèmes, l'épidémiologie et l'agronomie) qui s’intéresse aux phénomènes dynamiques temporels et spatio-temporels. Un de ses principaux axes de recherche porte sur la construction de modèles à base de processus stochastiques, d’équations différentielles ordinaires (EDO) ou à dérivées partielles (EDP), et l’analyse de leur comportement par des approches d’exploration numérique ou de simplification de modèles. Outre de nombreuses collaborations autour des objets d’application, l’équipe/l’unité est bien insérée dans le tissu disciplinaire au niveau francilien (ex. Fondation Mathématique Jacques Hadamard) et national (ex. groupe Mabiome de la SMAI, GDR MathSav).
L’équipe Dynenvie recrute un-e chercheur-e en développement de modèles dynamiques de populations structurées à base d'EDO/EDP, permettant l'intégration de données et de connaissances à différentes échelles.
Le développement de nouvelles techniques, en particulier moléculaires, a eu un impact profond dans des domaines comme l’écologie microbienne et l’épidémiologie, en générant de grandes quantités de données aux échelles microscopiques. La construction et l'étude de modèles complexes et multi-échelles, proposant des mécanismes pour structurer et comprendre ces données pose des défis scientifiques majeurs, auxquels l'équipe s'intéresse aussi bien pour l'estimation de paramètres et l'analyse des comportements asymptotiques que la simulation.
Votre mission portera sur le développement de méthodes de simplification de modèles de grande dimension à base d'EDP ou intégro-différentiels, de simulation et d’estimation de paramètres. L’application principale sera le développement d’approches de modélisation en écologie microbienne, en s’intéressant en particulier à l’intégration de données « omiques » haut-débit dans les modèles. Vous vous appuierez sur de nombreuses collaborations de l’équipe autour des interactions hôte-microbiote et la dynamique des pathobiomes chez l’homme et l’animal.
Vous serez impliqué-e dans des projets collaboratifs méthodologiques et applicatifs en adéquation avec vos recherches et incité-e à en prendre l'initiative.

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Vous êtes titulaire d’une thèse de doctorat en mathématiques appliquées.
Une spécialisation en analyse numérique et EDP est fortement recommandée. Un solide bagage en calcul scientifique, de bonnes connaissances dans le domaine de l’optimisation, des méthodes de modélisation ou d’estimation et une ouverture à des travaux interdisciplinaire entre modélisation et analyse de données sont vivement souhaités. Un intérêt pour les problématiques biologiques, voire une expérience de recherche interdisciplinaire à la frontière avec la biologie, seraient grandement appréciées.
La mai?trise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu seront fortement incités à réaliser un séjour à l'étranger co-construit avec l’équipe d’accueil dans les 3 années suivant l’année de stage.

Type de l'offre: 
Date limite de la candidature: 
08/02/2022
Période d'emploi: 
09/02/2022
Email du contact: 
Unité de recherche d'affectation: 
Localisation CR INRA: