Environnement de travail, missions et activités

L'unité de mathématiques et informatique appliquées de toulouse (MIAT) développe et met en oeuvre des méthodes mathématiques et informatiques dans le cadre de collaborations le plus souvent interdisciplinaires sur des thématiques d'intérêt pour INRAE. L'unité se compose de 2 équipes de recherche et 3 équipes plateformes. Vous exercerez vos missions au sein de l'équipe plateforme GENOTOUL Bioinformatique, dont les missions sont de développer les ressources nécessaires, d'accompagner les projets, et de contribuer à l'animation scientifique et à la formation en informatique, bioinformatique et statistique des utilisateurs de la plateforme. Elle regroupe 2 ingénieurs de recherche et 5 ingénieurs d'étude en bioinformatique ou administration système, ainsi que 3 chercheurs en bioinformatique et statistique pour une part de leur activité.

De manière croissante, la plateforme est sollicitée pour des appuis sur l'analyse et l'intégration de données omiques multi-échelles dans des projets en biologie souvent basés sur des plans d'expériences complexes. Vous devrez permettre à l'équipe de répondre plus largement aux besoins d'appui en statistique et contribuer au développement de chaînes de traitement pour l'analyse statistique, complétant les chaînes de traitement bioinformatiques déjà disponibles. Vous contribuerez à soutenir les efforts de la plateforme dans sa contribution aux grands programmes régionaux, nationaux ou internationaux (métaprogrammes INRAE, projets ANR et Europe, PEPR, etc), qui font appel à ce type de compétences. Les activités d'encadrement et d'animation font partie intégrante de ce profil de poste.

De manière plus précise, vos activités comprendront :
- la prise en charge de l'analyse statistique des données pour les projets dans lesquels la plateforme est engagée et dont la complexité du plan expérimental ou du type de données acquises nécessite une expertise avancée en statistique et/ou l'intégration de jeux de données hétérogènes ;
- l'appui aux biologistes sur l'intégralité du cycle de vie de la donnée : mise au point du plan d'expérience, collecte et organisation, nettoyage, archivage. Cela comprend une expertise ou une montée en expertise sur les aspects FAIR et l'accompagnement des équipes concernant le plan de gestion des données ainsi que l'appui sur la mise en oeuvre de bonnes pratiques pour la reproductibilité des analyses ;
- le développement d'outils d'analyses statistiques, en vous appuyant sur votre expérience et votre expertise pour déterminer quelles sont les chaînes d'analyses prioritaires à développer ;
- le développement ou l'adaptation d'outils permettant d'assurer la conformité des données aux standards internationaux du domaine et organisées selon les règles définies par la communauté ciblée (entrepôts dédiés), en interagissant avec les plateformes productrices de données et les communautés utilisatrices ;
- la définition des procédures qualité liées à ces activités (dans le cadre de la certification qualité de la plateforme), leur rédaction et leur mise en oeuvre.
Vous complèterez ces activités principales en intervenant sur :
- la formation en statistique et plus généralement en « data science » (incluant des aspects de programmation et des bonnes pratiques pour la reproductibilité des analyses) des biologistes du centre INRAE Toulouse-Occitanie ;
- la formation aux bonnes pratiques de programmation avancée (en particulier R) pour limiter les coûts computationnels et l'impact environnemental des calculs (profilage de code, gestion de la mémoire, parallélisation, reproductibilité, etc.)
- la veille scientifique pour l'intégration de données et l'analyse des nouveaux types de données qui seront produites par le séquençage haut-débit dans les prochaines années.

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste ou de chef de projet selon expérience.

Vous contribuerez au CATI BIOS4Biol.