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Exploration d’une approche hologénomique pour prendre en compte le microbiote de l’hôte dans les évaluations génétiques

Description: 

Contexte : Les animaux et leur microbiote forment un organisme composite, appelé holobionte, qui peut être considéré comme l'unité ultime sur laquelle agissent l'évolution et la sélection [1]. Les gènes de l'hôte et l'environnement influent sur la colonisation, le développement et le fonctionnement des divers microbiotes, qui en retour contribuent à façonner les phénotypes de l'hôte. De plus le microbiote est également transmis de la mère au descendant (par exemple, lors de la mise-bas, de l’allaitement et des soins maternels chez les mammifères), ce dernier participe ainsi à la transmission non-génétique des phénotypes [2]. Un enjeu majeur pour la sélection animale est donc le développement des approches hologénomiques intégratives capables d’analyser conjointement les ensembles de données génomiques de l'hôte et de son microbiote, ainsi que les phénotypes et les paramètres environnementaux dans lesquels évoluent les holobiontes. De telles méthodes sont prometteuses pour apporter une amélioration de la précision de prédiction et la compréhension des caractères impliqués dans l'adaptation des animaux aux systèmes de production agroécologique chez différentes espèces d'intérêt agronomique. Cependant, il reste encore plusieurs questions qui doivent être étudiées pour évaluer et identifier les méthodes les plus appropriées à utiliser pour tenir compte des particularités des données de microbiote (comptages compositionnels, inflation en valeurs nulles).

Type de l'offre: 
Date limite de la candidature: 
30/06/2023
Période d'emploi: 
01/07/2023 - 31/12/2023
Email du contact: 
Localisation CR INRA: