L’équipe travaille sur les modèles Agrobacterium spp. et Ralstonia solanacearum (Rs) dont les capacités d’évolution sont liées à la conjugaison et à la transformation naturelle. L’originalité des recherches repose sur la validation de l’idée que l’espèce bactérienne résulte de l’adaptation ancestrale à une niche écologique spécifique. Elles sont structurées en deux thèmes :

• diversité des populations bactériennes : l’équipe s’intéresse à la diversité des populations bactériennes du sol associées à la plante pour des raisons de suivi épidémiologique en réponse à des cas concrets de maladie et pour comprendre les modalités de dissémination et de persistance des pathogènes dans le milieu. Ce travail a été conduit chez les agrobactéries, agents de la Galle-du-Collet, la phytobactériose la plus répandue en France métropolitaine.

• facteurs structurant la diversité : l'équipe s’est donné pour objectif d’identifier et d’analyser les déterminants génétiques impliqués dans les réponses adaptatives ayant un effet majeur sur la diversité des microbiotes. Les recherches visent à identifier sans a priori les adaptations permettant aux espèces d’échapper à la compétition inter-spécifique et donc de coexister dans des communautés riches et diversifiées. Ces travaux sont en relation avec le questionnement actuel sur la notion d’espèce chez les bactéries.